《民事诉讼法》第79条到82条、《民诉法司法解释》第121至123条、《证据规则》第79至84条，都是关于司法鉴定的规则，其核心含义有两层：
一是当事人可以对于专门性问题申请鉴定，但法院应当审查必要性与合理性，并要做好基础资料的准备工作。
二是要准许当事人对鉴定结论发表充分质证意见，并要求鉴定人员在必要时出庭答复，当事人可以申请专家辅助人参与发表质证意见。
在过于复杂的专业性事实调查中，法庭和当事人通常都会考虑启动鉴定程序，比如建设工程结算、伤残等级认定、签章真实性等问题。鉴定会引入权威机构的专家意见，对于案件审理的重要性是不言而喻的。
但是，立法及司法解释的规则均已经明确，鉴定结论虽然具有重要参考价值，并不是必然被采信，在审理中应充分尊重当事人的质证权利，这种专业性质证带有一定的辩论性质。比如，建设工程领域的造价鉴定就有三个显著特点：
一是鉴定并非必然需要启动。对当事人已经达成合意的事项，不能随意鉴定。
二是鉴定结论并不当然存在唯一正确答案。与结论非此即彼的真伪鉴定相比，鉴定机构不可能仅根据工程的客观物理状态完成工程造价鉴定，而是需要根据当事人约定和证据事实，选择合理的计价原则，认定真实的工程量，确定必要的鉴定范围。
三是鉴定结论的内容可分。当事人有权对其中各个部分的合理性提出异议、进行辩论，法官也应当对异议部分的最终采信结论进行论证。如果法官不对鉴定活动进行必要引导与审查，就可能导致诉讼资源的浪费和审理期限的拖延。为此，《建设工程司法解释一》第 28—34 条集中对鉴定的审查问题进行了规定，实质上就是强调法官应当合理把握鉴定的范围、依据，保障当事人的异议权，辨明鉴定结论的基础合理性。
在实践中，诉讼参与人应注重此类专业性质证的特性，不宜单纯笼统的对鉴定结论表示整体不认可，而是要提炼具体的异议点，并阐明相应的理由、依据，只有深入细节发表意见，法庭才能组织起有明确指向的交叉询问，鉴定人员也才能进行有针对性的回复。法律之所以设置“专家辅助人”，认可其可以代表当事人对鉴定结论发表意见，也是为了补强当事人专业能力的不足，即需要提出的是专业的质疑与对策。
比如，当事人认为鉴定机构采用的检测方法不合理，则需要说明相应的合同依据或规范性文件，并提出自己认为合理的方法是什么。在一起工程造价鉴定中，施工合同约定“除停车场、电梯设备、消防验收、楼顶花园之外的其他全部工程”均采取固定总价的结算方式，同时还约定，固定总价范围以施工设计图纸为准。
而鉴定机构在鉴定中仅调取了竣工图，并简单根据自己的字面理解，将所有“停车场、电梯设备、消防验收、楼顶花园”外的实际施工项目全部当然认定为固定总价范围，导致整个工程造价中没有计算任何增加工程项目，施工方提出质疑，主张应对合同计价条款进行完整理解，鉴定机构对固定总价范围的鉴定方法错误，并提供了大量签证单及原始施工图纸，证明其在原设计基础上完成了大量增加项目，应在固定总价外单独计价。该质证意见明确具体，有充分依据，最终也得到了鉴定机构及法庭的认可。
因此，在实践中，法官既要充分借助鉴定机构的专业力量，也要防止“以鉴代审”的误区，从鉴定程序的启动到鉴定方向与基础资料选择，到出具最终结论，都应保障当事人合理的监督异议权利，由法官进行居中判断。鉴定程序不仅要注重机构、人员资质等合法性要求，也要审查其鉴定方向、鉴定范围的合理性问题，鉴定人员的义务不仅是出具结论性意见，也应当接受当事人、法庭的询问，并作出有针对性的答复与解释。